不過有數百名懷疑是參加過中正紀念堂集會的群眾，在集會結束之後，轉移到附近總統府前凱達格蘭大道繼續抗爭行動。群眾高呼反對陳水扁總統的口號，並要求政府公開3-19槍擊案的真相，以及選舉過程的疑點。
警方架起鐵馬防止民眾衝向總統府，並勸導群眾離開。至4號凌晨，警方勸喻無效，大批手持盾牌的武裝警察對群眾展開強制驅離行動，引發警民流血衝突，估計有10多名群眾受傷或休克送院，上百人被帶回警局調查，亦有警員報稱受傷。
這次是3-20總統大選之後，由國親聯盟發起，持續兩星期的臺北市群眾街頭集會，首次發生警民流血衝突。
*集會持續、本質改變*
臺灣時事評論員南方朔表示，開放性的群眾運動會有不同背景的人參與，並且會改變集會的本質，因此這次衝突的民眾很難定義為國親支持者，估計是小部分較激進，而且不綽舉結果的民眾引起的個別衝突。
南方朔說：感覺到一種新的、好像不是泛藍、也不是泛綠的群眾，慢慢形成，他們的訴求是真相這一點要突顯出來。
*學生繼續絕食、要求藍綠雙方道歉*
另一方面，2號晚開始，由8位來自不同大學的臺灣學生發起，在臺北市中正紀念堂進行的絕食抗議行動，至4號晚7點半，達到48小時，在場有上百民眾支持他們的行動。學生代表陳同學表示，學生以接力方式，每次一同絕食靜坐的人數約10人，每人按照自己的體力及意志，維持10多小時至40小時不等。
陳同學並表示，5號將會有幾十名學生由中部北上支援，估計加入絕食靜坐的學生將會超過一百人。他們的主要訴求，是藍綠雙方的領導人，都要為過去幾年的政治亂象向臺灣人民道歉；政府盡快成立獨立槍擊案真相調查委員會等等，希望朝野領導人，在9號之前，盡快回應他們的訴求。
陳同學說：如果4月9號朝野雙方無給予善意及明確的回應，之後學生不排除整個活動會變更型態，然後對朝野雙方施更大的壓力。
*吾爾開希：3-20後群眾運動跨越黨派*
目前定居臺灣的前中國大陸民運人士吾爾開希，3號晚到中正紀念堂聲援學生的絕食行動。吾爾開希認為學生的絕食行動，得到社會普遍的認同，也代表3-20之後，臺灣的民眾運動已經擴大。
吾爾開希說：3-20之後的大部分群眾運動是有明確的政黨色彩，而這場絕食行動，第一不是政黨組織，第二是跨越了藍綠的訴求，對雙方都有一種很負責任的批判的一場運動，所以我覺得是跨越了3-20之後的所有群眾運動。
身兼族群平等聯盟召集人的臺灣導演候孝賢，3號晚亦有到場聲援絕食學生。候孝賢表示，學生的自發性很強，而且出發點很單純，目前族群平等聯盟只是給予精神上的支持。
候孝賢說：可能會發動一個攝製組，來拍攝學生這種活動狀況，記錄他們的狀況，可能以後在教育上或其他方面都很有用。
