「國家民主基金會」提供的資助大多用於推動中國民主、人權、新聞自由和勞工權利，這些經費大多是通過流亡在美國的異議組織來落實的，基金會每年組織「專家們」對這些項目的執行情況進行考評，效果好的予以保留或增加資助，執行效果差的被淘汰。「國家民主基金會」促進中國鄉村選舉的資助是通過「共和國際研究所」來實現的，用於推動香港政治改革和政黨建設的資助主要是通過「國際事務國家民主研究所」來執行，後者在香港設有辦事處。
最新的年度報告透露，「國家民主基金會」在2004年資助香港「平民交流」組織12.5萬美元（約97萬港元）、「香港人權監察」17萬 3,280美元（約135萬港元）；為「國際事務國家民主研究所」的兩個項目提供24萬美元（約187萬港元），用於香港政黨磋商和培訓，開展和出版多黨民意調查，為2004年9月的立法會選舉提供選民指南方面的幫助，幫助香港民間組織的民主化和提高管理水平，支持香港的合作夥伴對特區政府的執政情況進行評估以及立法會選舉後的評估。
成立於1983年的「國家民主基金會」為美國針對中國的「國際勞工團結中心」的四個項目提供了46萬美元的經費，為「中國私有化企業中心」的五個項目提供 39.5萬美元（約307萬港元）的資助，為推動中國鄉村選舉的「共和國際研究所」提供35萬美元。同時接受資助的流亡美國的異議組織有「司法權利教育」、「當代中國中心」、「中國信息中心」、「中國21世紀基金會」、「中國人權」、吳宏達的「勞改研究基金會」、《北京之春》、《民主中國》、「中國獨立作家中心」和《新聞自由導報》等。
該基金會去年資助「國際援助西藏運動」等7個流亡海外的藏獨組織23萬美元（約179萬港元），這個數目與前幾年差別不大。但值得注意的是，「國家民主基金會」去年為鼓吹先自治後獨立的「美國維吾爾協會」提供7.5萬美元（約58萬港元）的資助，據說是為了引起國際社會對新疆維吾爾自治區人權被侵犯的注意力。該協會得到美國的資助後，在白宮附近租了一套辦公室，在美國進行遊說並開展聳人聽聞的反宣傳。
