新華社報導說，該補充協定中方從俄方收回了部分被佔領土，包括位於黑龍江和烏蘇里江交界處的黑瞎子島和靠近內蒙古滿洲里的阿巴該圖洲渚在內近375平方公里，雙方將各得約一半。
李肇星表示，簽署補充協定以及互換協定批准書，標誌著協定正式生效，兩國長達四三○○公里的邊界線走向以法律形式全部確定下來，對兩國關係及世界和平穩定具有特別重要的意義。
由於此協定是將把原本屬於中國、目前為俄羅斯佔領的黑瞎子島一分為二，中國部分學者認為「這不算雙贏」，也有中國官員認為，中國「外交部沒必要唱那麼高的調子」。中國時報曾評論說，這等於用一套西裝換回一件半內褲。更可憐的是，一件半內褲原本就是中國自己的。
國際輿論也稱：表面上看中國好像爭回了337平方公里的領土，實質上卻是損失了144萬平方公里，相當於40個臺灣或1360個香港的土地。因為協定的確立，變相承認了清朝過去與俄國簽訂的《尼布楚條約》、《璦琿條約》、《北京條約》、《勘分西北邊界約記》一系列不平等條約，以及1900年被俄國強佔的土地。
《蘋果日報》評論員李怡在題為〈愛國與賣國－－程翔的「鐘國仁」〉專欄中指出：「中俄邊界談判在九一年簽署東段國界協定，九四年簽署西段國界協定。對這兩個協定的內容，中國至今未有公布。去年十月俄國總統普京訪華，與胡錦濤簽署了 《中俄國界東段的補充協定》，在十月十九日的外交部記者會上，發言人章啟月面對媒體兩度詢問，一律迴避，只說『中俄已就黑瞎子島的邊界走向問題達成協議』。當網友提出質疑的時候，中國當局乾脆將『中俄邊界』四個字列為『黑字』，阻止進入官方網際網路。今年四月二十七日，人大常委通過有關協定，但協定內容 從未見中國官方公布，也未見內地傳媒報導。昨天，中俄兩國外長在海參崴互換協定書，也不見公布協定內容。涉及中國國土的劃分，竟然是國家機密，好像與中國 人民無關似的。這實在是二十一世紀最荒唐的『代民作主』的醜劇。 」
美國之音報導說，香港明報曾發表多篇署名為「鐘國仁」的文章，質疑中共當局在中俄邊界談判上的做法。據香港報界確認，鐘國仁就是程翔在明報專欄上的筆名。鐘國仁在文章中分析了中國政府為什麼不敢向老百姓公布和解釋條約的三大苦衷： 一是它表示中共在這個問題上連被它譏笑為賣國而趕下臺的國民黨政權都不如。二是江澤民在這個問題上比共產黨其他領導人都不如。三這個標誌著中國正式放棄偌大一塊領土的條約，從談判的過程到最後簽署，都沒有公開過。
從4月22日至今，程翔一直被中共關押，遲至5月31日中共才公開此案，並聲稱程翔涉入 間諜活動，程妻劉敏儀則聲明否認當局說辭。此案已引起各方關注，海外輿論指出，當局一再黑箱動作，隨意羅織罪名，讓人對中共徹底失望。
