他說，中共一九九九年藉口法輪功為「邪教」組織，展開鎮壓行動，導致成千上萬法輪功學員遭受逮捕拘禁。在「宗教信仰自由」普世價值下，中共對法輪功的打壓，只會讓人對共產政權專制暴政，更加深惡痛絕。
陳水扁表示，相較於臺灣，在憲法保障宗教信仰自由條文下，法輪功在臺灣相當活躍，隨處可見法輪大法的教學，政府也從未乾預過。這就是民主自由、專制極權最大不同處。
近來媒體披露中共對拘禁中的法輪功學員，以活體摘除器官方式，作人體器官移植手術，賺取黑心暴利，再火化毀屍滅跡，行徑令人髮指，引起國際社會關切。中共更在此事件遭披露後，沉默了三個星期，才由外交部出面否認，並表示歡迎國際社會組團前往調查。
陳水扁表示，雖然目前尚未有直接證據得以證明，但相關人士指證歷歷、中共境內器官移植手術案例明顯較他國偏高、強制對獄中的法輪功學員抽血檢驗行為、早些年曾引起世界軒然大波的中共監獄出售死刑、重刑犯的器官事件，都賦予事件真實存在的可能性。
瀋陽老軍醫最近再次向海外媒體提供的內部資料正好和陳水扁總統的呼籲遙相呼應。據大紀元新聞網首發報導，老軍醫揭露了取證困難的原因。他表示，所有被進行器官移植的人員可以分為兩類，一類是自願，一類是非自願，但是在官方的口徑上都是自願的。法輪功及其他關押人員在關押期間使用的是真實名字，但是在進行器官移植時使用的是偽造的假名字，但是這個人的資料是完整的，而且是在器官移植的自願書上簽字的 (當然是代簽的)。因為器官移植的管理是軍事系統，一旦成為軍事機密是無法獲得資料的，也因此造成了取證的困難。
老軍醫個人接觸的偽造代簽資料就有6萬多份，許多的簽字都是一個人的筆跡。這類資料的保存期限是18個月，然後必須銷毀。該資料的保存機關為省級軍區，查閱資料須經中央駐地方專員批准。如果器官移植失敗，被移植器官人員的資料和屍體必須在72小時內全部銷毀。整體的資料和屍體，甚至是活人焚燬必須經軍事監管人員認可。軍事監管人員有權逮捕，關押，強制處決任何泄露消息的醫生、警察、武警、科研人員等。軍事監管人員由中央軍委授權相關軍事人員或軍事機構執行。
任何被確定將進行器官移植人員，將從監獄、勞教所、看守所、集中營等被帶離，此時他們將失去名字，只有一個代號，而與此代號相對應的是一個偽造的自願進行器官移植的自願者。而該人員將會被告之將進行身體檢查，然後是局部麻醉，接下來就是活體移植。
取證困難並不能成為殺人的藉口。臺灣元首的呼籲與老軍醫的證詞能否喚醒中國人也包括中國政府的良心，為此展開深入的調查？值得全世界拭目以待。
