中國官方控制的愛國教會未經教宗批准，擅自於四月三十日在雲南省昆明市舉行祝聖馬英林神父為昆明教區主教禮儀，及五月三日在安徽省蕪湖市舉行祝聖劉新紅神父為主教禮儀。
梵蒂岡的聲明稱，教宗本篤十六世強烈要求中國當局尊重天主教教會的自由和自主。聲明說，教廷是可以做出主教任命決定的唯一的機構。中國共產黨一九四九年在中國大陸掌權之後，北京政府切斷了跟梵蒂岡的關係，並且成立了政府批准的獨立於梵蒂岡的天主教愛國會，自行任命主教。
北京政府表示，梵蒂岡堅持對中國主教的任命權是中國內部事務不可容忍的干涉。中共外交部則說冊封過程「完全依照民主方式， 梵蒂岡指摘 ，實在 毫無道理」。
北京政府和梵蒂岡的這種相持不下的關係使中國大陸的天主教教徒和神職人員處於一種為難的困境，也導致上百萬的天主教教徒拒絕承認官方教會的權威，轉而組成獨立於政府的地下教會，這些地下教會忠於梵蒂岡教廷，而不是忠於北京政府。據報導，中國官方教會內部許多主教明確反對未經教皇批准而任命主教的做法，很多人拒絕出席典禮儀式。
香港教區樞機主教陳日君表示，中國當局的主教封聖顯然是非法的、強迫性的。他說，那些參加封聖典禮的人顯然是在共產黨當局的威脅下行事。
西方一些觀察家們認為，宗教信仰自由在無神論的國度是很難行得通的，中共和梵蒂岡之間的關係正好詮釋了這種分析與說法。中共天主教愛國會官辦教堂也有耶穌 、 聖母 ， 無數的主教 、 神父， 但處處都埋伏秘密警察 。 教皇若望保祿二世歸天 ， 中共教堂禁止舉行追思彌撒 ； 教皇本篤十六世冊封陳日君為樞機主教 ，中共天主教主教團副主席房興 耀更嚴詞抨擊 ： 「陳日君思想非常落後 ， 不利中梵建立正常關係 。 」
此種分析，從中共對西藏喇嘛幾十年來的一貫立場上也可見一斑。一九五九年， 西藏達賴喇嘛根據傳統 ， 選出六歲的確吉尼瑪為十一世班禪喇 嘛； 但達賴流亡國外 ，不奉中共號令 ， 於是中共拘捕確吉尼瑪 ， 另選確吉傑布繼任班禪 ， 務求新班禪和已故的十世班禪一 樣唯命是從 。 中共班禪可以娶妻育兒 ， 可以食酒肉。
據林克倫的特稿說，中共方面表示，達賴喇嘛若明確表示完全放棄爭取西藏「獨立」，將考慮讓他訪問中國。對此西藏流亡政府外交部長洛桑寧紮在回應時也明白指出，「無論是達賴本人，還是西藏流亡政府已多次表明，不要求西藏從中國分裂出去；我們不明白為什麼中國政府還不能相信我們的動機」。
宗教自由和自主信仰始終是困擾北京和各種宗教與信仰之間懸而未決的問題。美國國際宗教自由委員會本月3日發表2006年度報告，批評中國等11個國家的宗教政策。而北京方面近日又曝，總後勤部負責人向全國各地方相關軍事機構轉發了在北京秘密結束的「中央軍委處理涉外宗教問題會議」的有關精神。在這次會議中，首次宣布將對部分不受政府控制的基督教、天主教、伊斯蘭教、東正教等「頑固不化」的教徒實行與法輪功同等對待，並宣布嚴厲打擊涉外宗教團體，多次解散仍頑固組織併進行活動，同時不服從管理的將根據相關規定嚴厲制裁。
西方觀察家認為，無論是梵中建交還是達賴能夠順利回國，在中共看來，最大的關健是對方不應干涉它的內務為前提的。這種不容改變的觀點才是導致中共政府遲遲不能與對方順利互交的原因，如此算來，梵中建交也好，喇嘛達賴的回國與「中間道路」也好，在中共強硬的態度面前，都是一個令人渺茫的未知數了.
