中國高級官員和專家學者9月25日在武漢召開研討會，討論三峽工程生態環境建設與保護工作。專家表示，三峽工程生態環境安全存在諸多新老隱患，如不及時預防治理，恐釀大禍。中共官方首次一改以往為三峽工程辯護立場，承認形勢嚴峻。
大陸媒體綜合報導，三峽大壩開始發電運行後，大壩上游640公里的長江水域已經成為一個大水庫。 堤防及江岸山體滑坡大增，以及支流藻類激增污染飲水等後果逐一在六百公里庫區和支流浮現。八月間美國《華爾街日報》文章〡〈三峽大壩之憂〉，其中報導的「三峽大壩專案正面臨著山體滑坡和水污染等始料未及的問題」。
*崩岸明顯增加
大陸國土資源部專家、三峽庫區地災防治工作指揮部指揮長黃學斌指出，時常發生的地質災害嚴重威脅庫區民眾生命安全，滑坡入江後會造成湧浪災害，浪高最高可達數十米，波及數十公里範圍。
目前，三峽庫區共有各類崩塌、滑坡體4700多處，其中627處受水庫蓄水影響，863處在移民遷建區。
今年5月初，在距離三峽大壩上游16公里的一個叫廟河的村莊不遠處，5天內發生了4次坍塌。當地村民說聽到了房屋的木質結構由於地面移動而開裂的聲音。廟河村的官員擔心，一旦整個山坡塌入水中，附近的居民將因此喪命。
今年的7月14日，一條長江支流發生特大泥石流災害，一塊長、寬均在1公里左右，厚度為18米的山體落入江中，13名農民被吞沒在泥石流中，而落入江中的石塊激起兩層樓高的大浪，摧毀了20餘艘船舶，並導致11名漁民喪生。
倫敦帝國學院的一個調研小組今年早些時候在《工程地質和水文地質學季刊》上發表文章稱，邊坡失穩是三峽地區最普遍自然災害的成因所在。該學院的地質學家伊歐尼斯· 弗尼阿迪斯在觀察過秭歸、巫山和巴東縣的衛星照片後發現，3%的邊坡處於活躍的下滑狀態，7%的邊坡因為修路等活動而不穩定，另有15% 基本穩定。
*藻類大量繁殖
湖北、重慶政府負責人都表示，三峽工程蓄水後，支流水質惡化，部分出現「水華」現象（水體中藻類大量繁殖），且發生範圍、持續時間、發生頻率明顯增加。未經處理的污水和化肥殘留物被不斷排入大壩水庫，導致巨型水藻生長氾濫，並威脅到 下游的水供應。 部分支流居民飲水源堪憂，特別是香溪河、大寧河、梅溪河等情況突出。今年丰度縣因支流富營養化而發生５萬人飲用水污染，小江浮萍、水葫蘆瘋長等問題。
在全國各地，上百萬噸未經處理的污水、工業廢水和農藥殘留物將湖泊變成了藻類氾濫的污水池。據官方統計，中國半數以上的主要水道都受到污染，水中的魚類正逐漸消亡，水也無法用於灌溉或是飲用。
據世界野生動物協會的報告稱，長江流域的污水排放量激增， 2000至2005年間增長了一倍以上。而在這一地區生活著1.6億人，其中包括位於三峽大壩上游640公里處全球的最大都市──重慶的3,000萬人。
與會的中共國務院三峽工程建設委員會辦公室主任汪嘯風汪嘯風表示，三峽庫區歷來生態環境脆弱、自然災害頻發、水土流失嚴重，人多地少矛盾突出，不合理的開發造成生態退化，水土流失加劇狀況遠未得到根本扭轉。
國際專家和中國國內反對人士曾預言，這個全球最大的水壩將破壞生態環境。汪嘯風的言論標誌著，中國異乎尋常地承認，上述可怕預期可能變成現實。
