由於54路公交車每晚收班後都要接受多項安全檢查以及衛生打掃，因此炸藥被推斷為應該是當天行駛過程中被人放置的。關於對可疑人員的描述，目前，在乘客中存在多個版本，比較流行的是，雲AS2035（發生第一起爆炸的54路公交車）上的乘客趙寧回憶，爆炸發生前，有一名25歲左右的男子在文廟站上車，坐在司機身後第四排位置，該男子手提兩個黑色人造革皮包。她懷疑他就是製造爆炸案的凶手。此外，雲AS1822（發生第二起爆炸的54路公交車）同樣有乘客提到這名"穿黑衣服、灰白褲子，剪平頭，手提黑皮包"的矮個子男子。
對於乘客的證詞，警方至今沒有予以證實，不過，"穿黑衣服、灰白褲子，25歲左右男子"的描述讓在第二輛54路上遭遇爆炸身亡的陳大飛備受猜疑，而且，陳大飛被發現一直在冒用其三弟陳仕飛的名字。
記者在昆明小漁村72號找到了陳大飛的女友，她回憶，陳大飛那天穿著"黑衣服、灰白褲子"。"這種穿著很正常。我不知道外界為何懷疑陳大飛是人肉炸彈，他打死都不可能幹出這樣的事情，他人性格很好，有很好的發展前途，沒有遇到不公平的事情，就是一個普通的乘客而已。"女友說，陳大飛那天早上出門時是空著手的，"他平素從不帶包。出門時是7點，走到交三橋站要十分鐘，那時候第一輛54路已經爆炸了。"
陳大飛與好友吳波辦的傢俱廠現在仍在艱難運轉，一個工人告訴記者，傢俱廠共有9個員工，開辦一年來一直虧損，原定每月15日發工資，但7月份的還沒有發。對此，陳大飛的二弟認為，任何一家這樣的小企業，都可能遇到資金運轉困難，"這不能說明問題"。
案發後，警方曾經拿了幾張照片給倖存乘客辨認，其中就包括陳大飛的，不過倖存乘客韓先明說，他對這個人沒有印象。現在陳大飛身邊的人還在接受警方的調查，他的電腦也被警察拿走，女友有些不滿，認為警方應該盡快給陳大飛正名。
"陳大飛冒用弟弟名字沒有必要過多聯想，我們已經調查過，十多年前就開始冒用了，應該與案情無關。" 不過，警方並不願正面回應是否排除了陳大飛的嫌疑。
