經初步估計，對兩岸人民及企業而言，兩岸實施"海空直通"，將可省下龐大的時間成本及航運成本，已有專家提出見解，認為每年至少可為臺灣節省超過新台幣500億元。事實上，未來兩岸"海空直通"，除可節省直接的運輸成本，對臺灣而言，更重要的，乃是其突破很可能被"邊緣化"的經濟戰略意義。
茲以海運業為例，"不繞點"直航每航次可節省數萬美元的成本，以目前每年臺灣航商經第三地到中國大陸各港口的航次來看，一年約可省下新台幣20億元的成本，未來開放內陸港口，達成江海聯運，對貨櫃航商以及散裝航商都是"利多"。
但對一向扮演"中轉"的香港而言，卻會帶來一些衝擊，除海運業，以航空客運業為例，依香港國泰航空公司的資料分析，其每年利潤將減少約新台幣24億元，乘客人數減少70萬人次，而經香港到大陸或臺灣的旅客會減少10%。
在兩岸完成簽訂"大三通"協議後，已有不少香港的傳媒報導表示對香港的前景感到憂慮，認為香港將無法繼續扮演兩岸"中介"的角色，今後難再從中獲取"中介"的經濟利益。甚至有某大報的社評提出警告，認為"大三通"將對香港經濟出現更大的挑戰，新的政經形勢將推動兩岸開展更密切的各項經貿合作領域（包括金融業在內），香港要避免被"邊緣化"，就必須"從整應對"，切勿"慢三拍"。
筆者認為，這些警告是多餘的顧慮，兩岸"大三通"實施後，通過香港過境的遊客及貨物的確有所減少，但對香港的整體經濟結構層面而言，其損失仍算是小量的額度，若從區域經濟的"連動"發展來看，兩岸"大三通"有利於擴大區域內的各項經貿能量，反而會令香港市場從中受惠、取得益處。茲舉香港金融業為例，相對兩岸市場而言，由於仍具區域競爭優勢，反而可令業界發揮其更大的市場擴增效應。
香港一向是兩岸的"中轉"航運中心，對兩岸三地的空運業而言，依據此次訂立的《兩岸空運直航協議》，最大的利基點在於將每週的固定包機，由目前的36航班擴大為108航班，同時開放航點由五個增加為21個，另外新增同意每月60航次的往返貨運包機，亦有極大的機會改採"截彎取直"模式，不再繞道香港飛航情報區。
此舉看來對香港航空業不利，且因正值當前全球航空業景氣疲弱之際，此次兩岸空運直航的新協議，無疑僅為兩岸的航空業界注入一泉"活水"。對香港而言，其臺港"黃金航線"運能，勢必因兩岸"大三通"而被取代，但仍有"轉機"機會。例如臺港兩地政府可研擬未來兩地"黃金航線"轉型的配套措施，爭取雙方對等開放"第五航權"，譬如讓臺灣航空業者可經營經香港至歐洲的熱門航線，如香港至倫敦；讓香港航空業者可經營臺北至北京、上海的熱門航線。如此一來，臺港聯手成為雙"中轉"地，香港反而可再從中開創新的商機。
根據花旗銀行的報告，兩岸實施"海空直通"後，估計香港旅遊業一年損失將達新台幣100億元，但這隻佔2008年香港GDP的0.2%旅遊業收入，該報告認為，針對兩岸"大三通"，港人實在不必"杞人憂天"，擔心香港被"打沉"。
筆者認為，香港依然是臺灣的主要海空交通樞紐，兩岸"海空直通"將增加兩岸三地的經貿"連動"，對香港反而有利，香港依然能維持及增強其國際化金融及商貿中心的獨特地位。未來，更應融入兩岸，並共同走向繁榮。
