世界上關於轉基因食品安全性的爭論一直存在，即使是轉基因技術發達的美國也沒有批准主食的轉基因商業化種植。但是中共農業部在2009年為中國人主食的大米發放了轉基因商業化的許可，引來學者和網友的擔憂。
2009年底，中共農業部批准了兩種轉基因水稻、一種轉基因玉米的安全證書。這是中國首次為轉基因水稻頒發安全證書，意味著全球最大的水稻生產和消費國──中國，將打開轉基因水稻商業化種植的大門。
臺灣聯合報報導，中國科學院植物研究所研究員蔣高明介紹，轉基因水稻是在水稻中引入抗蟲基因，使得水稻能分泌一種BT毒蛋白物質，蟲子食用後會被毒死，因而能夠產生防蟲效果。
蔣高明質疑，水稻是人類的主糧，昆蟲無法下口，人類長期食用難道就沒有害處嗎？他認為，轉基因至少存在三方面的不確定性：一、轉基因對生命結構改變後的連鎖反應說不准；二、轉基因導致食物鏈潛在風險說不准；三、轉基因污染、增殖、擴散及其清除途徑說不准。
中南大學副教授孫錫良接受希望之聲採訪說，世界各國對轉基因產品都很謹慎，必定要通過立法、專家和公開討論後才能上市。
孫錫良：「所有的國家的轉基因產品他必須要經過議會，而我們國家到目前為止只有國務院關於轉基因方面一些所謂的條例，而且這個條例沒有經過公開討論。國務院在做這樣的決策過程中有偷偷摸摸之嫌，目前所有的決定都是不合法的。」
孫錫良認為專家和商人為了賺錢，不會考慮到食用轉基因食品存在不可預期的後果：「國內轉基因方面的專家真正權威的只有一個唱反調的，基本上都是一邊倒，為甚麼呢？那裡面的利益太大太大了。轉基因科研投入相當大，你不贊成，你根本都拿不到錢，所謂的委員會那些專家大部分都有自己轉基因相關的註冊公司、商品化的那些東西，包括那些國外進口…這些利益鏈太大。」
孫錫良也表示，中國轉基因的研究和市場化，都是極少數人做出的決定，欠缺教育性的宣傳，模糊了轉基因的危害，目前大量的轉基因食品已經成為國人餐桌上的食物，民眾的健康被漠視。
孫錫良：「東北大豆幾乎淪陷了，本土的品種基本上都給打敗了嘛！都是進口的大豆，我查了一下70% 是轉基因的。實際上這些大豆到底流到哪裡去了？進了中國社會以後是不可控的，用了這些轉基因的產品，是非常危險，包括油菜、包括大豆、花生，很多其他的這些東西。在歐美他們的轉基因產品管理很嚴的，一直有專門的、顯眼的標誌標到，可是我們在大陸他們沒有做特別提醒。」
蔣高明在自己的博客中質疑農業部為甚麼不公開批准轉基因水稻商業化的細節。他說，因為在巨大的利益面前，誰也阻擋不住，就像我們的生態環境很難從根上得到改善一樣，因為他們要的是GDP。
蔣高明認為，無論是藉助轉基因，還是藉助劇毒農藥控制害蟲，都是治標不治本的措施。從長遠看，只有用生態平衡的辦法減少害蟲、增加產量才是可持續的。
中共農業部開放轉基因水稻，民眾也表示會直接危及國家的糧食安全，大陸網民因此發起「反轉基因主糧」的簽名活動。
