臺灣故宮博物院外景
1948年秋天，國民黨政府行政院（政府的行政機構）向故宮博物院院長馬衡下達了一道緊急命令，要求後者為北平故宮博物院的文物精品編製一份名單並配以詳細說明，同時準備安排這些文物用飛機分批運往南京。此時的國民黨政府正在制定預備方案，打算從中國東海岸撤退到臺灣島。國民黨的高級軍官希望國寶都能聚集在南京，這樣一旦需要，他們就可以把這些珍寶安全地帶到臺灣去。
12月，故宮博物院理事會秘書、中央博物館和中央圖書館的館長杭立武電告馬衡前往南京參加一個重要會議。馬衡回電說自己身體不適不能出席會議。在馬衡缺席的情況下，這次會議做出了決議：儘可能快地將珍寶運往臺灣，任命杭立武負責運送工作。
文物運臺，蔣介石撥款800萬元
杭立武沒能取得馬衡的合作，國民黨政府不得不拋下紫禁城大量的皇家珍寶逃往臺灣。他們撤退到臺灣的時候只帶走了南京所有藏品中的大約20％，包括1935年到1936年間在倫敦展出的那80箱精品。
臺灣故宮博物院藏品：翡翠白菜
臺灣故宮博物院藏品：琺琅瓷器
當時，所有的運輸都由國民黨軍方控制。蔣介石很贊同文物運臺的決定，專門撥出一筆800萬元的款子用於這項計畫。故宮工作者那志良細緻地記錄了這場大規模遷移的細節。本來計畫共運送五次，不過實際只運了三次。總共有約4000箱珍貴文物運到了臺灣。馬衡的同事和老朋友莊嚴被指派護送第一次文物運輸，這次運送包括了所有參加倫敦藝展的箱件。
把珍寶箱件從存儲地送到碼頭時相當混亂，莊嚴曾描述過這一情形：當時他和博物館的工作人員還不知道船上給他們空出的地方有多大；碼頭工人有意拖延怠工，兩個人能抬的箱子他們要三個人一起搬，後來甚至四個人一起搬，直到搬運工作幾乎無法繼續。1948年12月22日，莊嚴隨同第一批文物乘坐「中鼎」輪從上海前往臺灣北部的基隆港。他後來回憶了那次可怕的五日之旅，海面上波濤洶湧，裝滿奇珍的箱子在船艙內左右搖晃，每一次搖晃都伴隨著幾聲狗吠。
那志良參加了第二批文物運輸。這次運送的文物包括來自中央博物館和中央圖書館的珍貴圖書。中日戰爭以後，杭立武向日本索回了很多珍貴的圖書和藝術品，運往臺灣的精品文物之中就有這部分圖書和藝術品。那志良先生在1949年1月9日離開上海，搭乘的是商業性的招商局「海滬」輪。
運送第三批文物的「崑崙」號於1949年1月29日離開港口，直到2月22日才到達基隆港，漫長的旅程讓盼望貨輪到達的工作人員等得心焦。莊嚴說這次運輸包括了大部分1933年從北平運到南部的書籍，但「崑崙」號啟航時還是在碼頭上留下了60個箱子。
第四次運輸還沒有著手的時候，蔣介石就辭去了總統的職位，繼任的李宗仁下令停止所有的文物運送。文物運臺的行動中並沒有美國船隻加入，美國曾一度認為應該動用美國船隻協助文物運臺的行動。
總共有3824箱文物被運到了臺灣，僅是1933年從北平運至南方的所有箱子的五分之一，然而這五分之一卻包括了大部分精品文物。其中絕大多數是舉世無雙的大幅掛軸畫作，它們都出自唐宋時期的名家之手。而北平的故宮博物院則保留了一部分最重要的書法作品及小型手卷繪畫作品。北平和臺灣兩處收藏存在這些差異的一個重要原因是：溥儀和溥傑離開紫禁城時夾帶了部分皇家藏品，他們挑選的自然是最容易攜帶的物件——尤其是那些手卷和冊頁，由此便將大幅的掛軸畫卷留下了，被國民黨帶到臺灣去，最終成為臺北故宮博物院的館藏。
據那志良說，在文物運臺的過程中，很多箱件由於無法運送而不得不留了下來。比如像著名的秦代石鼓，在臨出發時不得不把它放在了碼頭上，儘管都已經精心包裝好了。
國民黨在即將逃往臺灣的最後關頭還奇蹟般地獲得了一些珍品。比如，1948年12月，杭立武和其他幾個人正準備從成都乘坐最後一班飛機趕往臺灣，藝術大師張大千提出了一個緊急請求。據杭立武的記載：
他（張大千）匆忙中撿出七十餘幀，請搭此機空運臺灣，以保存國家文化。但那時飛機載重已達飽和，駕駛人員不答應再增加重量，在此情形下，我為保存重要文物，決定拋棄了我的行李三件，以換載張大千的國畫。惟當時我提一條件，這批國畫運到臺灣後，請他贈予政府，張氏立表同意，當時就寫了一張名片，作為贈送的證明。
實際上，這些畫最後是給了臺灣的歷史博物館。
三次運輸的文物在臺灣聚集成了一個新的收藏。最終它發展成為世界上最重要的藝術博物館之一，擁有舉世罕見的、最豐富的青銅器、書法、手卷畫作、珍貴典籍等藏品。
臺灣故宮博物院建立
在臺灣盤踞多年後，國民黨當局才開始考慮找一個能和紫禁城的宮殿相媲美的地方來長期安置運到臺灣的藏品。形勢越來越明顯，國民黨撤退臺灣之舉已經不僅僅是一個暫避之策了，臺灣當局開始為皇家珍寶籌劃長期的安排。起初，存放宮廷珍寶的地址選在靠近臺中的臺灣中部高地地區，就在臺中糖廠的兩間庫房裡。到1949年4月，又新建了三個倉庫。與此同時，工作人員又立即對文物進行了一次徹底的點查，並編製了一份「故宮運臺文物清單」。打開箱子晾晒文物的做法很快也重新恢復了，這是文物當年存在中國西部的10年間養成的習慣，那時藏在山洞和廟裡的文物每隔6個月就要打開晾晒一次。
1953年，工作人員在存儲藏品的倉庫附近挖了一些山洞用來展出藏品。顯而易見，這些文物急需一個條件好些的地方長期保存，因為山洞對這些文物來說太過潮濕了。1954年2月，亨利·盧斯（HenryLuce）來臺灣訪問並參觀了這些皇家藏品。亨利·盧斯是美國《時代》和《生活》雜誌的出版商，非常有錢，他同時也是蔣介石和國民黨集團的熱情支持者。在他的影響下，當時的美國新一屆政府（和美國中央情報局）建立了一個亞洲基金會，這個基金會提供資金在臺中郊區北溝建了一個小型博物館。1957年，新建的小博物館正式開放。
1955年11月，這個新建的小博物館和「中央」博物館、「中央」圖書館合併成一個統一的行政單位，就是現在人們熟知的臺灣故宮博物院。在那以後不久，「教育部」決定刊印一份出版物，向公眾介紹這部分皇家收藏中的精品繪畫、瓷器、織錦和刺繡。一個主要由臺灣故宮博物院的工作人員組成的委員會成立了，他們親自到北溝去為這份出版物挑選藝術品。這個委員會的成員有：王世傑、羅家倫、蔣轂孫和葉公超。學識淵博的故宮工作者如莊嚴、那志良都擔任了這次活動的顧問。
首次赴美展出
很多美國人一直以來都期盼中國的皇家藏品能赴美國做一次展覽，1936年在倫敦藝展之後就有人第一次提出這個想法，1948年又有人提出，但是這個提議始終沒被通過。
出版商亨利·盧斯上世紀50年代訪問臺中的時候，重提了在美國展出的事情，但是一開始並沒有什麼結果。故宮藏品在美國展出一直是美國著名博物館工作人員和亞洲藝術研究者的心願，他們催促臺灣當局考慮這一提議。這些人中有紐約大都會博物館的阿希文·利普（AschwinLippe）、華盛頓弗利爾美術館的約翰·博璞（JohnPope）和密歇根大學的理查德·愛德華茲（RichardEdwards）。臺灣有兩位高級「外交官」也為這一提議搖旗吶喊，他們是王世傑和葉公超。其中前者在20世紀30年代和40年代曾為故宮收藏工作過，當時是臺灣當局裡一位老牌的政治家，而葉公超曾任「外務部」部長，後來擔任過駐華盛頓的「大使」。
亨利·盧斯是在1935年到1936年的倫敦藝展時認識王世傑的，上世紀50年代盧斯訪臺時兩人再次見面。盧斯最終說服了王世傑，使後者承認在美國舉辦一次中國藝術品展覽對臺灣是十分有益的，事實上這已有日本方面的例子。從1948年起，日本在美國舉行了一系列的藝術品展覽，這些展覽影響了美國人對日本人的看法，緩和了戰後美國公眾對日本的牴觸情緒。這一例證不僅更加堅定了盧斯促成此事的決心，也使王世傑徹底折服。作為臺灣故宮博物院理事會的成員，王世傑開始在「行政院」遊說，爭取獲得「行政院」對赴美國展覽的支持。1960年，這一提議最終被通過，藏品將在1961年到1962年間從臺灣赴美，在美國的幾個城市展出。
這次藝術品展覽會獲得了極大的成功。儘管展出的畫作只有當初倫敦藝展的一半，但這次選擇的都是質量最高的作品，展會的氛圍嚴肅靜穆，絲毫沒有媚俗的味道（比如用鑲邊的卷軸作為背景裝飾展出的瓷器）。隨珍寶參展的李霖燦在他的日記裡記下了參觀的人數：1961年5月到8月在華盛頓有144358人；1961年9月到11月在紐約有105061人；1961年12月到1962年1月在波士頓有47896人；從1962年2月到4月在芝加哥有59637人；從1962年5月到6月在舊金山有108254人。
此次展覽為美國人瞭解中國的藝術傳統做出了很大的貢獻。在展覽的過程中，山水畫受到了觀賞者極大的青睞，儘管有些人還並不懂得怎樣欣賞這些畫的運筆技巧，對元代晚期學院派畫家的作品也缺乏瞭解，但並不妨礙他們的喜愛和讚美。美國方面在對這次展會的詳細評論中談道：「中國藝術複雜的表現形式如同一道巨大的鴻溝，它使得西方常去畫廊、受過普通教育的人與中國藝術隔膜起來，這種現象永遠都不會改變，除非中國和印度藝術從一開始就是西方藝術教育的一部分。」為了消除這種隔閡，相關工作人員結合每一個城市的展出安排了一系列講座，有相當多的人參加了這些講座，許多優秀的市民被邀請參加開幕式和其他一些特殊的活動。紐約的亞洲組織（AsiaSociety）還舉行了有關展會的學術研討會。
李霖燦還記述了他在運輸過程中的許多擔憂：卡車沒有火車安全；有一次，調度過來的火車突然找不到裝有全部展品的貨車了，雖然在24小時內貨車又找回來了，但著實讓人後怕。在美國展出一年半之後，所有的珍寶被安全運回臺灣。展品在臺灣又展出了一次，這次展出很大程度上也是為了讓臺灣民眾確信：國寶已經安然無恙地回來了。
