下面列舉了人類遺傳學上的9個科學發現的異常現象，都是與目前主流科學假說相違背的，從不同角度動搖了達爾文的進化論認為人是從猿人進化來的及人類起源於非洲的學說。
異常現象1：人的染色體比類人猿染色體的進化程度低
類人猿的染色體是進化程度最高的──它們隨著時間改變最多。與類人猿的染色體相比，人的染色體是最保守的，較原始、進化程度較低。這與普遍認為的人比所有的哺乳動物更進化相矛盾。(New Scientist, P.24, July 17, 1986)
異常現象2：人及所有真核生物的染色體存在內含子或叫「無意義」DNA。而像細菌等原核生物沒有內含子。
人類染色體中大約有97%的DNA是不編碼蛋白質的「內含子」或「垃圾DNA」。因此內含子被普遍認為只是在生物進化過程中積累的過多的垃圾。按照進化論學說，認為細菌和其它原核生物是最原始的生物，然而這些最原始的生物卻能自己去掉那些無用的內含子，從這一點上看，細菌豈不比真核生物(包括我們人類)在進化上更高級更明智？(Science，263:608,1994)
異常現象3：人和猿染色體數目不同
大多數主流科學家認為人和猿在遺傳上和形態上非常接近，但是人和猿的染色體數目的差異與之不相符。人只有46條染色體，而猿類有48條染色體。更糟糕的是，染色體數目的不同表明，儘管基因的不同與染色體數目的不同卻能產生非常相似的形態。這一現像似乎削弱了通過簡單比較DNA (比如，通過DNA雜交實驗)建立進化上的相近性的整套理論基礎。DNA雜交實驗表明人的DNA和猿的DNA有98%的同源性，而現代遺傳學的這個關鍵理論可能因此而被推翻。如果說人是從猿人進化來的，這兩個染色體在什麼時候丟失的？怎麼丟失的？生物學課本根本沒有解釋，這無疑給了進化論學說一個有力的衝擊。
異常現象4：人和猿形態和遺傳上的表現不同
利用比較動物的形態相似性畫進化路線(家譜等)多年來一直被質疑。幾個世紀以來，生物學家根據形態相似性而不是遺傳相似性畫出進化樹。基因沒有反映出人和猿形態和行為上的顯著差異。如果遺傳比較能更好地代表不同種之間的親緣關係，那麼很多家譜必須重畫。實際上，根據DNA分析而不是解剖特徵得出的鳥類進化家譜已經被修改過，有的改動很大，有的甚至與原來有矛盾。
異常現象5：人類線粒體與其它生物本質上的不同直接挑戰人類的進化論學說
人類與靈長類DNA基本相同──通過DNA雜交技術測量發現只有2%的差異──一直被普遍接受。這種遺傳物質的相近性被廣泛的看成是科學的一個基本事實依據。但是，通過比較人類與其它生物的線粒體DNA發現，人類線粒體DNA的結構和序列與其它各種生物有著根本的差異，人類線粒體並不起源於目前已知的生物。那麼這些新的線粒體從哪兒來？(Nature, 286:460,1980)
異常現象6：缺少細胞色素C的過渡形式
所有生物的細胞色素C(新陳代謝上起作用)大約都有100個氨基酸，具有相同的三維結構和同樣的活性位點。但是不同個體的細胞色素C氨基酸序列變化很大，包括細菌、真菌、高等植物和脊椎動物。這種差異與不同生物解剖上的差異聯繫很小。每一組的不同成員與其它組的所有成員都存在相似的差異，比如各種魚類之間的差異，與人與魚的差異相近。
真核生物之間的細胞色素C存在高達40-50%的差異。換句話說，從進化樹看細胞色素C，原核生物與真核生物之間沒有過渡形式。如果所有的生命來自一個起源，進化論預計存在這聯繫不同種族的過渡形式，包括蛋白質和其它分子的過渡形式。缺少細胞色素C的過渡形式削弱了進化論。
異常現象7：人體染色體缺少「baboon標記」
「baboon標記」是很多猴子和猿猴染色體上的一段基因序列，能保護機體免受一種反轉錄病毒--C型病毒的侵染。C型病毒是baboon內源病毒，對baboon無害。檢測猴子和猿猴染色體序列時發現，其中23種有「baboon標記」，它們都是非洲的；17個不帶有「baboon標記」的，都不是非洲的。更有意義的是，所有的人種，包括非洲人種，都不存在baboon標記。所以，主要的人類學模型認為現代人起源於非洲受到質疑。(The Scars of Evolution, London, 1990)
異常現象8：父親的線粒體DNA也能被遺傳
1991年幾個瑞典學者發現在一種小鼠體內，千分之一的線粒體DNA實際上來自父親。另有研究者發現一種海洋貝類含有相當多的父親的線粒體DNA。我們沒法保證這種情況不會發生在人身上。一旦發生了，那麼根據只有母親線粒體DNA能遺傳的假說建立的人類起源、移動路線和親緣關係等等都被動搖，尤其是非洲起源學說。(Scientific American, 265: 30, 1991; Nature, 359: 412, 1992)
異常現象9：非洲人的核DNA與其它種族的不同
非洲起源學說是根據發現非洲人線粒體DNA更多樣化，理論上比其它種族更古老。但是研究核DNA多樣性發現，非洲人和歐亞大陸人存在很大的遺傳距離。換句話說，歐亞大陸人彼此之間更親緣關係比與非洲人更近。(Nature, 319: 491, 1986)
這些看似不好解釋的、與目前主流科學相矛盾的異常現象，如果我們跳出現代科學的框框，換一個角度來分析它，比如：人本來就不是從猿人進化來的，不同生物有不同的來源，又怎麼能期望找到那些進化的「證據」呢？上面這些發現從側面上不也支持了這個觀點嗎？
