1368年，享國運不足百年的元朝被朱元璋領導的起義推翻了，與遼、金、西夏等少數民族政權不同，末代皇帝元順帝妥歡帖睦爾既沒有戰死，也沒有自殺，而是率領著王族和所剩的軍隊撤退到了自己祖先曾經興起的故地——蒙古高原，在中國完成了一次外來政權全身而退的「奇蹟」。這得歸功於從成吉思汗開始的近似於瘋狂的擴張，使得蒙古帝國幅員遼闊，汗國、部落林立，而元朝的版圖只算蒙古帝國的一部分，元朝的皇帝又是蒙古帝國的大汗，對於蒙古各大汗國和部落享有宗主權。元朝的滅亡，只是使蒙古帝國失去了中國的領土，而蒙古帝國依然存在。
殘元政權的滅亡
元順帝是元朝皇帝中少有的接觸漢文化較深的一個，大都陷落倉皇北歸的打擊，對於他來說是極大的，雖然依然還是蒙古各部的大汗，但也不能排解他「去國懷鄉」的憂愁，尤其是明朝軍隊對於他的繼續打擊又接連不斷，更使他惶惶不可終日。終於，1370年5月23日，他懷著悲憤和鬱悶，在沙拉木倫河畔的應昌去世。
元順帝的兒子愛猷識裡達臘獲悉父親去世的消息後，便在哈拉和林繼位，他將殘元政權又維持了八年，並厲兵秣馬盼望著有朝一日重登中國皇位。然而，他非但沒有機會實現這一願望，還面臨著深入到蒙古地區的明朝軍隊的攻擊。1372年，明朝大將徐達率軍攻向哈拉和林，這是蒙古黃金家族的大本營，是權力和榮耀的象徵，一旦被明軍攻破，蒙古帝國將徹底在世界上消失，因此，蒙古人的抵抗十分激烈，但是，被譽為「萬里長城」的徐達一路上勢如破竹，愛猷識裡達臘幾乎到了絕望地邊緣。所幸，明朝的大軍由於戰線過長，後援不繼，受阻於土拉河畔。
1378年，愛猷識裡達臘懷著滿腔遺憾去世，其子脫古思帖木兒繼位，這位第三任殘元皇帝所能控制的領土已經縮小到蒙古帝國最初興起時的規模，恢復祖上的榮光更顯得毫無可能了。
1388年，一支10萬人的明朝軍隊在大將藍玉的率領下在合勒卡河和克魯倫河之間、貝爾湖南岸大敗脫古思的軍隊，殘元諸王、平章以下官員三千多人及軍士七萬餘人被俘，脫木思帖木兒逃走後被其部將縊殺。
這次的失敗使黃金家族——忽必烈家族的殘元政權喪失了在蒙古人中至高無上的地位，以至於大多數蒙古部落宣布脫離它而自立。1399年，分布在葉尼塞河上游沿岸的乞兒吉斯部首領貴力赤，否認了最後一任殘元皇帝額勒伯克的宗主權，於1399年將其打敗並殺死，取得了統治各部的霸權。至此，苟延殘喘了29年的殘元政權滅亡了，合法的蒙古帝國大汗不復存在了，蒙古各部又回到了爭奪蒙古帝國大汗寶座的紛爭當中。
群雄紛起爭汗位
殘元的滅亡，使明朝失去了政治上的敵人，蒙古已經成為了「邊患」，而不再是前一王朝殘餘勢力。因此，永樂皇帝對於貴力赤表示了極大的友好，承認了他對於蒙古各部的宗主權。
但是，貴力赤也並沒有保持汗位有多久，便在1400年被阿蘇特部首領阿魯臺和衛拉特部首領馬哈木的聯軍打敗。阿蘇特部是蒙古化了的伊朗人，起源於高加索，因蒙古西征而進入中國，元朝軍隊中有一支由他們組成的軍團。而衛拉特部是森林蒙古人中的一個強大的部落，在成吉思汗時代被稱為「林木中百姓」，定居在貝加爾湖西岸。
阿魯臺和馬哈木都不想成為蒙古帝國的大汗，他們最為希望的還是自己的部族獨立於蒙古人之外而獲得承認，因此，在打敗貴力赤後，便向明朝效忠，表示自己不同於其他爭奪蒙古帝國汗位的部族。這樣的臣服是明朝求之不得的，給了他們極大的支持的支持。依靠這種支持，衛拉特部將其霸權擴張到從貝加爾湖西岸到額爾齊斯河上游的整個西蒙古地區。
然而，阿蘇特部和衛拉特部對於蒙古中部和東部控制都沒能長久，貴力赤之子額色庫重新崛起，要與阿魯臺和馬哈木爭奪大汗寶座，雙方進行了十幾年的戰爭，直到額色庫於1425年病死。
在額色庫不停的與阿魯臺和馬哈木爭奪最高宗主權的同時，在1403年，殘元末代皇帝額勒伯克之子本雅失裡復辟了自己的汗位，宣布自己為蒙古帝國的大汗。作為黃金家族的後代，本雅失裡無疑要比阿蘇特部和衛拉特部具有號召力，不久，包括阿魯臺在內的各蒙古部落聚集在這位正統代表者一邊。而好不容易盼到忽必烈家族衰亡的明朝，對這位新一任蒙古大汗的敵視是不言而喻的，永樂皇帝下旨要本雅失裡作出臣屬的明確表態。但希圖重現祖上功業的本雅失裡怎麼會向推翻自己家族在中國皇位的朱氏家族表示臣服呢？於是，永樂皇帝親自率軍進入蒙古，直抵成吉思汗故地——鄂嫩河上游平原，於1410－1411年擊潰了本雅失裡和阿魯臺的軍隊。這次失敗對本雅失裡來說是致命的，因為這使他喪失了作為大汗的權威。1412年，衛拉特部首領馬哈木乘機將他擊敗，奪取了汗位。
在此之前，馬哈木一直與明朝永樂皇帝保持著友好關係，但這時，他已經真正成為蒙古帝國的大汗了。於是毫不猶豫地與明朝皇帝斷交。這引得永樂皇帝再次親征蒙古，雖然馬哈木的抵抗使明朝軍隊遭到嚴重損失，但為了保存實力，他率軍撤退到土拉河以西休養生息。馬哈木的威信由於這次入侵暫時受損，因為他也未能阻止明朝軍隊進入蒙古草原。
哈斯木逃走後，大汗寶座又懸空了下來，這時，居住在興安嶺以東、滿洲邊境的嫩江附近的科爾沁部首領阿臺在1425年率部眾佔領了蒙古中東部地區。那個見風使舵的阿蘇特部首領阿魯臺，這回又支持阿臺殺死了本雅失裡，擁立阿臺為蒙古帝國大汗。科爾沁人是成吉思汗弟弟哈撒兒的後裔，也屬於黃金家族。雖然永樂皇帝對於衛拉特的背叛不能容忍，但為了消滅在蒙古人中具有崇高威望的黃金家族，又開始支持衛拉特部。自然，對於這支持，衛拉特部也是欣然接受的。
黃金家族的復辟
在衛拉特人實力削弱的時候，成吉思汗後裔們並未立即組織反攻，因為他們正在家族戰爭中互相殘殺。
1467年，成吉思汗的第27代繼承人滿都古勒大汗在討伐他的侄孫和繼承人博勒呼濟農的一次戰爭中去世。
而博勒呼濟農在他能夠稱汗之前的1470年也被暗殺。一度人丁興旺的黃金家族中，現在僅剩下一個5歲的男孩、博勒呼濟農之子達延。
達延的命運及其不幸，家族的長輩都在內訌中死去，小小的孩子孤苦無依，連他的母親都拋下他改嫁了，這簡直比成吉思汗年幼時的遭遇還要悲涼。所幸，滿都古勒汗的年輕遺孀滿都海賽音可敦把他置於自己的保護之下。滿都海賽音可敦是一個了不起的女人，她不但撫養了達延，還在1470年宣布他為大汗。最為難得的是，滿都海賽音可教作為女人率領軍隊打敗了衛拉特人，將他們徹底趕出了蒙古中東部地區。為達延汗日後的統治奠定了基礎。
達延汗是蒙古帝國統治時間最長的大汗，從1470年到1543年整整73年。在1481年親政之後，達延汗鎮壓了右翼土默特人、兀良哈人的叛亂。並從1497年到1505年間，他對從遼東到甘肅的明朝邊境地區進行了一系列卓有成效的攻擊，使得明朝無法與衛拉特人聯繫。
1543年達延汗去世之後，他的孫子博迪繼承了汗位。雖然廣大的領土被達延汗的眾多子孫瓜分，但從1544年到1634年蒙古帝國的汗位一直穩固的在達延汗的長支後裔察哈爾部中傳承，歷經博迪汗（1544－1548年）、庫登汗（1548－1557年）、圖們札薩克圖汗（1557－1593年）、徹辰汗（1593－1604年）和林丹汗（1604－1634年）。
蒙古帝國的滅亡
雖然達延汗的長期統治穩定了蒙古帝國汗位傳承，但並沒有克服蒙古民族的最大弱點——實行瓜分家族遺產的習慣法。當帝國的創建者死後，帝國便成了一種類似聯邦式的家族國家，國內的各級首領，都是兄弟或堂兄弟，他們雖然承認察哈爾部的最高權利，但處於相當的獨立狀態。
隨著時間的流逝，察哈爾部的汗位繼承者們逐漸失去了足以統治整個蒙古的力量，西方的衛拉特人和東方興起的通古斯人（滿人）都是他們可怕的敵人。但這個時候，衛拉特人正在對付哈薩克汗國、沙皇俄國以及內部的綽羅斯家族與和碩特家族的權力爭奪，因此，結束蒙古帝國歷史的，只能是通古斯人建立的後金帝國了。
1604年，林丹繼承汗位，稱林丹庫圖克圖汗。林丹汗並不是一個昏庸無能的可汗，他早已看出後金帝國對於蒙古的野心，因此上從繼位始，便開始從新統一各部，自稱「統領四十萬眾蒙古國巴圖魯青吉斯汗」。1627年派兵收服右翼鄂爾多斯、喀喇沁、土默特等部，與喀爾喀部卻圖汗結為聯盟，聲威大振，所轄地域東起遼東，西至甘肅。但是，次年，朵顏兀良哈的蘇布臺、喀喇沁的達來臺吉、土默特和布石圖汗、額爾多斯的額仁沁濟農以及永謝布、阿蘇惕、阿巴嘎、喀爾喀等部聯合組成大軍十萬，在土默特的召城一戰中，消耗了林丹汗精銳兵力四萬餘人，這使得林丹汗的實力大為削弱，而他的敵人是綜合了蒙古人的彪悍和漢人的謀略的後金皇帝努爾哈赤和皇太極，這就注定只有勇猛而少計謀的他只能失敗。
努爾哈赤時，科爾沁部、扎魯特部便在聯姻之下歸附了後金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部為了避免林丹汗的報復，也投奔了後金。1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科爾沁部。後金出兵援助科爾沁，林丹汗退走。皇太極即位後，把林丹汗做為主要的敵人。1628年，派遣貝勒阿濟格與老哈河上游受林丹汗統治的喀喇沁部會盟，共擊林丹汗。9月，皇太極親率大兵至綽洛郭爾，宴會察哈爾部控制下的敖漢、奈曼、喀爾喀、札魯特和喀喇沁等部領兵前來的諸首領。林丹汗空有大汗之名，但已經陷入了孤立，被迫退出西拉木倫河流域，至歸化城（今呼和浩特）固守。
1632年4月，皇太極再率大軍西進，多爾袞從征。至西拉木倫河畔，會集蒙古諸部兵，共擊林丹汗。面對勢力遠勝自己的敵軍，林丹汗無奈自歸化城驅人畜十萬渡黃河西逃。但面對已經大勢已去的大汗，部眾十之七八在途中散去。林丹汗逃奔青海，兩年後在青海打草灘病死，他臨死前，也許會和明朝的末代皇帝崇禎一樣，哀嘆「朕不是亡國之君！」，他們都努力過了，但是他們的才能都無法使他們重現祖上的榮耀。明帝國和蒙古帝國爭鬥了兩百多年，誰也沒能消滅對方，最後，在相差不到10年時間內，先後被滿清所滅。
1635年，多爾袞與岳托等領兵萬人渡河，招降林丹汗部眾於額哲，林丹汗的妻子和兒子歸降，交出可汗印信，整個漠南蒙古完全納入了後金帝國的版圖，蒙古帝國的汗位至此斷絕，而蒙古帝國，也永遠的消失了。
