在美軍強攻馬尼拉期間，日軍對平民的屠殺達到高峰，直到2月23日，美國軍隊重新奪回，據知死亡的菲律賓人總數達10萬人以上，平均每天有3000人遇害。死亡的10萬人中，哪些是日軍直接屠殺的，哪些是雙方交火中死亡，已難以判定，因為美軍的炮火同樣把街道化為灰燼。
最駭人聽聞的，在聖保羅大學一次殺害994名菲律賓兒童。1945年2月4日至2月10日日軍在巴石河南岸肆意姦淫屠殺，燒毀了教堂和圖書館，將避難所的3000名難民燒死，2月5日勒令城中男女分開排列街上，將男子用機關槍射殺，女子肆意強姦後射殺，來不及殺害的無辜百姓則用手榴彈爆炸，屍橫遍地。