明朝从初期的海防完备，到其后全无海防，几乎是岸防及舰队成建制地消失了，主要原因是对海防军费的大规模缩减；不仅使台湾长期未纳入版图防守之内，且至嘉靖倭乱起，我师毫无制海能力，“以故贼帆所指，无不残破”。而且倭乱又与历代不同，其人员构成“大抵真倭十之三，从倭者十之七”，可见人心离散的程度；直到万历，平秀吉死，“兵祸始休，诸倭亦皆退守岛巢，东南稍有安枕之日矣”。台湾也因诸倭退守，而被荷兰占领；最后，郑成功能一举拿下台湾，是因红毛在台兵力薄弱、补给困难。