可惜明成祖去世后十年不到，明朝就收缩防线，取消在草原驻军的卫所，将明军撤至长城沿线布防。又过了十多年，明英宗竟然被瓦剌俘虏了。明朝从此彻底丧失对蒙古的战略主动权。直到明朝后期明穆宗时代，才勉强使游牧到漠南，力量已削弱的那部分蒙古部落名义上臣服明朝。
真正解决蒙古问题并划入疆域的是清朝。