接种疫苗通常会有一些常见副作用，即接种疫苗后身体出现不良反应，但这正说明疫苗在起作用，成功激活了身体自我免疫反应。也有罕见副作用，即出现概率极小的对疫苗的反应，程度有轻有重。
被疫苗触发而自然释放的化学物质叫细胞因子和趋化因子，也称为趋化激素、趋化素，是细胞分泌的蛋白信号。
激活免疫反应的化学物质让人感到不适，但一般不会严重到干扰日常生活起居的程度，而且大致三天后症状就会消失。
接种疫苗后肯定会出现副作用症状，关键是程度 — 激发的免疫反应不能太大，也不能太小，必须恰到好处；在副作用和免疫力之间找到最佳平衡点。
几种主要疫苗已知最常见的副作用包括扎针处局部疼痛、疲乏、头疼及肌肉疼痛。其他不太常见的副作用包括恶心、发烧、畏寒。 随着接种普及，罕见副作用病例开始增多。
副作用因人而异，差别很大。有些人几乎毫无感觉；有些人会感到略不舒服，但并无大碍仍然可以去上班；有些人则需要卧床。